ลักษณะของกู่สวนแตง สามารถบอกได้ว่าเป็นโบราณสถานแบบขอมอีกแห่งหนึ่ง ซึ่งประกอบด้วยปรางค์ อิฐ 3 องค์ ตั้งเรียงในแนวเหนือ-ใต้ บนฐานศิลาแลงเดียวกัน อาคารทั้งหมดหันหน้าไปทางทิศตะวันออก มีประตูหน้าเพียงประตูเดียว อีก 3 ด้านสลักเป็นประตูหลอก ปรางค์องค์กลางมีขนาดใหญ่และมีสภาพที่ ค่อนข้างสมบูรณ์เป็นรูปสี่เหลี่ยมจัตุรัส ด้านหน้าที่มุขยื่นออกมาเล็กน้อย ตรงหน้าบันเหนือประตูหลอกทั้ง 3 ด้าน มีลักษณะยื่นออกมาและมีแผ่นศิลาทรายรองรับ

ส่วนปรางค์อีก 2 องค์ มีขนาดเล็กกว่า ฐานเป็นรูป สี่เหลี่ยมจัตุรัส มีประตูเดียวทางด้านหน้าเช่นกัน ส่วนผนังอีก 3 ด้าน ก่อเรียบทึบสำหรับบนพื้นหน้า ปรางค์ มีส่วนประกอบสถาปัตยกรรมหินทรายอื่นๆ ตกหล่นอยู่ เช่น ฐานบัวยอดปรางค์ กลีบขนุนรูปนาค 6 เศียร อายุของกู่สวนแตงสามารถกำหนด ได้จากทับหลังของปรางค์ ซึ่งปัจจุบันเก็บรักษาอยู่ที่ พิพิธภัณฑสถาน แห่งชาติพระนคร อยู่ราวพุทธศตวรรษที่ 17 เนื่องจากภาพสลักบนทับหลังทั้งหมดมี ลักษณะตรงกับศิลปะ ขอมแบบนครวัด ที่มีอายุอยู่ในช่วงเวลาดังกล่าว อาทิ ทับหลังสลักภาพพระนารายณ์ ตรีวิกรม (ตอนหนึ่ง ในวามนาวตาร แสดงภาพพระนารายณ์ย่างพระบาท 3 ก้าว เหยียบโลกบาดาล โลกมนุษย์ และโลกสวรรค์) ทับหลังภาพศิวนาฏราช ทับหลังภาพการกวนเกษียรสมุทรทับหลังภาพนารายณ์บรรทมสินธุ์ ฯลฯ แต่ละชิ้นมีขนาดใหญ่สวยงามน่าสนใจยิ่ง