วัดมหาธาตุเป็นวัดที่เก่าแก่และมีประวัติที่ไม่ค่อยจะชัดเจน
บางฉบับบอกว่า ในปี พ.ศ. 1917 บางฉบับก็บอก พ.ศ. 1927
แต่อย่างไรก็ตาม ได้ใช้เวลาก่อสร้างไปเป็นจำนวนมาก
ในสมัยสมเด็จพระเจ้าทรงธรรม
พระปรางค์เคยพังลงมาเกือบครึ่งองค์ถึงชั้นครุฑ
ปรางค์ของวัดนี้เดิมทีเดียวสร้างด้วยศิลาแลง
แต่จะด้วยเหตุผลประการใดไม่ทราบ
จึงยังมิได้ซ่อมแซมให้คืนดีดังเดิม ในรัชกาลนั้น
ต่อมาสมเด็จพระเจ้าปราสาททองทรงบูรณะใหม่
รวมเป็นความสูง 25 วา
แต่ก็ได้พังทลายลงมาอีกรอบในรัชสมัยรัชกาลที่ 5