สร้างครั้งใดไม่ปรากฏประวัติและหลักฐานการสร้าง แต่จากการสืบประวัติภาพจิตรกรรมฝาผนังที่ปรากฏพอจะประมาณได้ว่าอายุของวิหารนี้ไม่ต่ำกว่า 300 ปี วิหารนี้ได้มีการซ่อมแซมบูรณะเรื่อยมา จากหลักฐานจารึกที่ปรากฏบนหน้าบันเขียนเลข พ.ศ. 2468 ไว้ ซึ่งคงเป็นการบูรณะครั้งใหญ่ในสมัยนั้น รวมทั้งการเปลี่ยนกระเบื้องมุงหลังคาด้วย หลังจากนั้นคงจะมีการบูรณะซ่อมแซมต่อมา เช่น ใน พ.ศ. 2498 มีการราดพื้นวิหารและซ่อมแซมโครงสร้างภายใน เพราะมีหลักฐานบันทึกไว้ที่ฐานวิหาร โครงสร้างของวิหารเป็นไม้ผสมปูน หลังคาเป็นหลังคาจั่วซ้อนสามชั้น ด้านหน้าทำเป็นมุขโถงยื่นออกมาคลุมราวบันได ซึ่งทำเป็นมกรอมนาคที่มีปากลักษณะเหมือนจะงอยปากนกแก้วหรือจะงอยปากครุฑ ทำด้วยปูนปั้นประดับกระจกปิด ภายในวิหารมีธรรมาสน์เทศน์ที่มีอายุเก่าแก่และสวยงามมาก ปั้นลมเป็นนาคลำยอง หางหงส์ทำเป็นหัวนาค ราวโก่งคิ้วด้านหน้าเป็นไม้แกะสลักปิดทอง หน้าบันเป็นไม้แกะสลักเป็นลายก้านขดปิดทองแบ่งเป็นช่องสี่เหลี่ยมคล้ายฝาปะกน นาคลำยองหางหงส์รูปหัวนาคปิดทองประดับกระจกสี มุมวิหารทำเป็นปูนปั้นรูปเทพพนมยืน เครื่องบนของเพดานเปิดให้เป็นโครงสร้างไม้และเสารับน้ำหนักของหลังคา ผนังก่ออิฐถือปูนสูงถึงคอสองวิหารนี้มีประตูด้านข้างทำเป็นมุขยื่นออกมา ด้านหน้าวิหารทำประตูไม้แกะสลักปิดทองลักษณะทั่วไปของวิหารมีสัดส่วนและองค์ประกอบงดงามแบบสถาปัตยกรรมล้านนาควรค่าแก่การอนุรักษ์ให้สถิตในบวรพระพุทธศาสนายิ่ง

จากแผนผังวิหารแห่งนี้จะเห็นได้ว่าเป็นรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้า ด้านหน้าและด้านหลังมีการลดขนาดความกว้างของห้องเป็น 3 ช่วง เพื่อให้สอดคล้องกับชั้นลดของหลังคา ด้านหลังทำเป็นฐานชุกชีไว้ประดิษฐานพระประธาน และพระพุทธรูป ด้านข้างเป็นที่ตั้งธรรมาสน์คาดว่าจะสร้างขึ้นพร้อมกับการสร้างวิหาร ธรรมาสน์มีลักษณะเฉพาะตามแบบล้านนา เป็นรูปทรงปราสาท ประดับตกแต่งด้วยลายพันธุ์พฤกษา และยังมีสิ่งที่ถือว่าเป็นองค์ประกอบสำคัญอย่างหนึ่งที่จะพบได้ในวิหารล้านนาทั่วไปคือ สัตตภัณฑ์ อันเป็นเครื่องสักการบูชาภูเขาทั้ง 14 ในไตรภูมิตามความเชื่อของชาวล้านนา จะใช้กันในวันพระหรือวันสำคัญทางศาสนาโดยชาวบ้านจะนำเทียนมาจุดบนสัตตภัณฑ์นี้ มีลักษณะสามเหลี่ยมหน้าจั่ว ตรงกลางทำเป็นรูปเทพพนมและมีลายพันธุ์พฤกษา ด้านหลังรูปเทพพนมประดับแก้วอังวะ (กระจกจีน) ด้านข้างทำเป็นรูปมกรคายนาค สัตตภัณฑ์นี้จะตั้งอยู่ด้านหน้าพระประธานอีกทีหนึ่ง

วิหารวัดบวกครกหลวงเดิมทีเป็นอาคารโถงเช่นเดียวกับอาคารล้านนาทั่วไป ซึ่งสถาปัตยกรรมล้านนาส่วนใหญ่จะเน้นให้เห็นโครงสร้างของไม้และเครื่องบนหลังคาใช้เสาในการรับน้ำหนักของหลังคาทั้งหมด โดยเฉพาะโครงสร้างไม้แบบม้าตั่งไหมซึ่งเป็นการสร้างตามคติดั้งเดิมอันเป็นลักษณะเฉพาะของล้านนา จึงจะเห็นว่าภายใจวิหารวัดบวกครกหลวงนี้จะมีเสาขนาดใหญ่อยู่กลางวิหารถึง 12 ต้น ภายหลังจึงได้มีการทำผนังทึบขึ้นมา 3 ด้านคือ ด้านข้างและด้านหลัง แต่มิได้เป็นการรับน้ำหนักอาคาร ส่วนด้านหน้าเปิดโล่งไว้ และต่อมาได้มีการสร้างประตูบานใหญ่ขึ้นด้านหน้าเพื่อป้องกันโจรผู้ร้าย ประตูนี้มีการแกะสลักเป็นรูปทวารบาลปิดทองอย่างงดงาม

หลังคาวิหารเป็นหลังคาซ้อนกัน 3 ชั้น ประดับด้วยกระเบื้องดินเผา มีช่อฟ้าและหางหงส์ เป็นรูปนาคตามคติชาวล้านนาที่เชื่อว่า วิหารเปรียบเสมือนเขาพระสุเมรุ ต้องมีนาคคอยดูแลอยู่ จึงมีการประดับตกแต่งวารด้วยนาค ส่วนลานทรายที่อยู่รายรอบวิหารหรือศาสนสถานอื่น ๆ ของล้านนาเปรียบเสมือนว่าเป็นน้ำหรือนทีสมุทร ดังนั้นจะเห็นว่า ทางเข้าด้านหน้าวิหารทำเป็นราวบันไดรูปมกรคายนาคด้วยและนาคที่นี่ก็มีลักษณะพิเศษเฉพาะตัวคือ เป็นนาคปากนกแก้วซึ่งมีเพียงแห่งเดียว ส่วนมุขโถงด้านหน้าวิหารเป็นการสร้างขึ้นมาใหม่ในสมัยที่มีการบูรณะ

หน้าบันวิหารเป็นหน้าบันสลักไม้แบ่งเป็นช่องแบบฝาปะกน แต่ละช่องแกะลายประดับกระจกสวยงาม และมีจารึกบอกปี พ.ศ. 2468 สันนิฐานว่าเป็นปีที่มีการบูรณปฏิสังขรณ์ ผนังด้านนอกของตัวอาคารจะมีปูนปั้นรูปเทพพนมประดับอยู่ตามมุม ด้านบนเป็นคันทวยลักษณะเป็นสามเหลี่ยม ทำด้วยไม้ มีอยู่ 2 ลายคือ คันทวยด้านหน้าทั้งสองข้างทำเป็นรูปหนุมานเหยียบเมฆ ส่วนในตำแหน่งอื่น ๆ จะเป็นลายเมฆไหลท่านั้น

นอกจากวิหารแล้วที่วัดบวกครกหลวงแห่งนี้ยังมีอาคารเสนาสนะอื่น ๆ ที่น่าสนใจคือ อุโบสถที่มีรูปทรงสถาปัตยกรรมล้านนา ศาลาบำเพ็ญกุศล กุฎีสงฆ์ และเจดีย์ทรงปราสาทมีเรือนธาตุ 4 ด้าน บุด้วยทองจังโกซึ่งอยู่ด้านหน้าวิหารด้วย (ประยูร อุลุชาฎะ. 2544: 80-82)