ภายในวิหารเป็นที่ประดิษฐานพระพุทธมงคลศักดิ์สิทธิ์ ซึ่งเป็นพระพุทธรูปคู่บ้านคู่เมืองอุทัยธานี มีประวัติว่าในสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกโปรดเกล้าฯ ให้นำพระพุทธรูปขนาดย่อมที่ชำรุดไปไว้ตามหัวเมืองต่างๆ เมื่อ พ.ศ. 2335-2342 สำหรับเมืองอุทัยธานีได้รับ 3 องค์ โดยอัญเชิญลงแพมาขึ้นฝั่งที่ท่าพระ (ตรงข้ามศาลาประชาคมจังหวัดอุทัยธานี) แล้วนำมาประดิษฐานไว้ที่วัดขวิด พระพุทธรูปองค์หนึ่งมีขนาดใหญ่เป็นพระเนื้อสำริดปางมารวิชัย หน้าตักกว้าง 3 ศอก สร้างในสมัยพระเจ้าลิไท ฝีมือช่างสุโขทัยยุค 2 มีส่วนเศียรกับส่วนองค์พระเป็นคนละองค์ เข้าใจว่าคงซ่อมเป็นองค์เดียวกันก่อนนำมาไว้ที่เมืองอุทัยธานี ต่อมาเมื่อยุบวัดขวิดไปรวมกับวัดทุ่งแก้ว จึงได้ย้ายพระพุทธรูปองค์นี้ไปไว้ที่วัดสังกัสรัตนคีรี ซึ่งอยู่ห่างจากตัวเมืองไป 1 กม. และได้ทำพิธีบรรจุพระบรมสารีริกธาตุไว้ในพระเศียร พร้อมกับถวายนามว่า “พระพุทธมงคลศักดิ์สิทธิ์” ในวันแรม 1 ค่ำเดือน 11 ของทุกปีจะมีประเพณีตักบาตรเทโว โดยพระสงฆ์ประมาณ 500 รูปจะเดินลงบันไดจากยอดเขาสะแกกรังมารับบิณฑบาตที่ลานวัดเป็นประเพณีที่สำคัญของจังหวัด

 
ประวัติ
หมู่บ้านสะแกกรัง สมัยสุโขทัย เรียกว่า อู่ไทย หมายถึงที่อยู่ของคนไทย เป็นเมืองหน้าด่านสมัยกรุงศรีอยุธยา เป็นสมรภูมิสำคัญในการขับไล่พม่าสมัยกรุงธนบุรี ย้ายเมืองอู่ไทยมาไว้ที่ที่บ้านสะแกกรัง จนกลายเป็นชุมชนเติบโตถึงปัจจุบัน

สมเด็จพระวันรัต วัดมหาธาตุฯ มีนามเดิมว่า เฮง หรือ กิมเฮง นามฉายาว่า เขมจารี เกิดเมื่อวันจันทร์ เดือน ๓ ขึ้น ๑๑ ค่ำ ปีมะเส็ง จ.ศ.๑๒๔๓ ตรงกับวันที่ ๓๐ มกราคม พ.ศ. ๒๔๒๔ ณ บ้านท่าแร่ ต.สะแกกรัง อ.เมือง จ.อุทัยธานี บิดาเป็นจีนนอก ชื่อตั้วเก๊าแซ่ฉั่ว เป็นพ่อค้า มารดาชื่อ ทับทิม ยายชื่อ แห อุปถัมภ์เลี้ยงดูพระวันรัต วัดมหาธาตุฯ

ครั้นอายุย่างเข้า ๘ ปี ป้าชื่อ เกศร์ ได้พาท่านไปฝากให้เรียนหนังสือไทยอยู่ในสำนักพระอาจารย์ชัง วัดขวิด จนมีความรู้หนังสือไทยเขียนได้อ่านออก ครั้นอายุย่างเข้า ๑๑ ปี ยายและป้าได้พาไปฝากอยู่ในสำนักพระปลัดใจ (ซึ่งต่อมาเป็นพระราชาคณะ ที่พระสุนทรมุนี เจ้าคณะจ.อุทัยธานี) เจ้าอาวาสวัดทุ่งแก้ว ซึ่งต่อมา เมื่อ พ.ศ. ๒๔๓๕ รวมวัดขวิดกับวัดทุ่งแก้วเข้าด้วยกัน ตั้งชื่อว่า วัดมณีสถิตกปิตถาราม (ปัจจุบันชื่อ วัดสังกัสรัตนคีรี) สุดถนนท่าช้างในเขตเทศบาลเมือง

พ.ศ. 2335 - 2342 ในสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช โปรดเกล้าฯ ให้นำพระพุทธรูปขนาดย่อมที่ชำรุดไปไว้ตามหัวเมืองต่างๆ เมืองอุทัยธานีได้รับ 3 องค์ พระพุทธรูป องค์ที่ 1 นำมาประดิษฐานไว้ที่วัดขวิด เป็นพระพุทธรูปขนาดใหญ่เป็นพระเนื้อทองสำริด ปางมารวิชัย หน้าตักกว้าง 3 ศอก สร้างในสมัยพระเจ้าลิไท ฝีมือช่างสุโขทัยยุค 2 มีส่วนเศียรกับส่วนองค์พระเป็นคนละองค์ เข้าใจว่าคงซ่อมเป็นองค์เดียวกันก่อนนำมาไว้ที่เมืองอุทัยธานี

ต่อมาเมื่อยุบวัดขวิดไปรวมกับวัดทุ่งแก้ว จึงได้ย้ายพระพุทธรูปองค์นี้ไปไว้ที่ วัดสังกัสรัตนคีรี และได้บรรจุพระบรมสารีริกธาตุไว้ในพระเศียร พร้อมกับถวายนามว่า พระพุทธมงคลศักดิ์สิทธิ์สร้างมาแล้วนาน 214 ปี