ในปลายสมัยกรุงศรีอยุธยาทางฝั่งซ้ายของลำน้ำโขงแขวงสวันเขต
มีหมู่บ้านชุมชนใหญ่ชื่อบ้านหลวงโพนสิน ซึ่งตั้งอยู่ที่บริเวณพระธาตุอิงฮัง
แขวงสวันเขตในปัจจุบัน โดยมีเจ้าจันทรสุริยวงศ์ปกครอง
มีบุตรชายชื่อเจ้ากินรี ซึ่งต่อมาได้ข้ามลำน้ำโขงมาฝั่งขวาที่บริเวณปากห้วยมุก
สร้างบ้านแปลงเมืองขึ้น ณ ที่นั้น ในปี พ.ศ. 2310 แล้วเสร็จในปี พ.ศ. 2313
และตั้งชื่อเมืองว่า “มุกดาหาร”
อันเกิดจากศุภนิมิตรที่พบเห็นในขณะที่กำลังสร้างเมือง
ชาวเมืองทั่วไปเรียกมุกดาหารว่า เมืองมุก
ในสมัยพระเจ้าตากสินมหาราช
ได้พระราชทานบรรดาศักดิ์ ให้เจ้ากินรีเป็นพระยาจันทรศรีสุราช อุปราชามัณฑาตุราช
ดำรงตำแหน่งเจ้าเมืองคนแรกของเมืองมุกดาหาร เมื่อปี พ.ศ. 2321
เดิมเมืองมุกดาหารมีฐานะเป็นเมืองขึ้นการปกครองกับมณฑลอุดร ต่อมาเมื่อปี พ.ศ.
2450 มีการปรับปรุงการปกครองมณฑลอุดรเป็นจังหวัด
และเมืองมุกดาหารจึงถูกยุบเป็นอำเภอเมืองมุกดาหาร
ขึ้นการปกครองกับจังหวัดนครพนม จนกระทั่งปี พ.ศ. 2525
รัฐบาลได้ออกพระราชบัญญัติจัดตั้งจังหวัดมุกดาหารขึ้นเป็นจังหวัดที่ 73
ของประเทศไทย และเป็นจังหวัดที่ 17 ของภาคอีสาน
มุกดาหารมีพื้นที่ทั้งหมด
4,339 ตร.กม. แบ่งการปกครองออกเป็น 7 อำเภอ คือ อำเภอเมือง คำชะอี
นิคมคำสร้อย ดอนตาล ดงหลวง หว้านใหญ่ และหนองสูง